На сегодняшний день ИИЯЛ УФИЦ РАН состоит из 8 подразделений:

• Отдел археологических исследований
• Отдел этнологии
• Отдел истории и истории культуры Башкортостана
• Отдел новейшей истории Башкортостана
• Отдел языкознания (с лабораторией лингвистики и информационных технологий)
• Отдел фольклористики
• Отдел литературоведения
• Отдел восточных рукописей